江戸時代には熊野権現と称して、伊ザ冊命を祭神としていたという。明治の中頃は祭神を神功皇后としていたが、幾ばくもなく媛蹈鞴五十鈴媛命に変更した。そして、畝傍の東の大谷にあることから東大谷日女命神社として申請した。その結果、無格社として許可され今日に及んでいるでいるという。
石の鳥居をくぐって石段を登ると、古びた本殿の前にでる。過去に何度も祭神を変えてきたため、おそらく橿原神宮の摂社にもなっていないのであろう。今に崩れ落ちそうな本殿のたたずまいが、橿原神宮のそれに比べて余りに惨めである。畝傍山の山頂を目指すハイカーたちは、この神社を横目で見ながら急な坂道を上ってゆく。